Le Sénat a précisé (avant l’art. 7) que le Conseil supérieur de la fonction publique territoriale (CSFPT) est l'instance représentative de la fonction publique territoriale et a renforcé son rôle consultatif. Dans le même sens (art. 7), il a été précisé que le CSFPT est saisi des projets d'ordonnance et que celui-ci dispose toujours des documents et renseignements nécessaires pour mener à bien sa mission d'étude sur l'organisation et le perfectionnement de la gestion des personnels territoriaux. Un article additionnel (après l’art. 7) institue un collège des employeurs territoriaux au sein du CSFPT qui sera associé aux négociations «sur toute question relative à la politique salariale ou à l'emploi public territorial».

L'article 10 modifié confie l'essentiel des missions qui devaient être dévolues au Centre national de coordination des centres de gestion à un Centre de gestion coordonnateur. Pour tirer les conséquences de la suppression du Centre national de coordination, l'article 11 prévoit que désormais la gestion des agents de catégorie A est assurée au niveau régional ou interrégional et précise le dispositif applicable à la région Île-de-France.

Diverses précisions ont été apportées concernant les transferts des personnels TOS. Ainsi, lorsque les départements et les régions confient la gestion de ces agents aux centres de gestion, les cotisations devront être assises sur la masse salariale des seuls personnels ouvriers et de service. Des conventions conclues entre le CNFPT, le centre de gestion et, le cas échéant, le centre de gestion coordonnateur déterminent les modalités des transferts des missions ainsi que des transferts de personnels les accompagnants. Elles fixent la compensation financière qui découle de ces différents transferts.

Des modifications ont été apportées (art. 14) à la fonction de conseil du centre de gestion en matière d'hygiène et de sécurité. De plus, le centre de gestion sera non seulement chargé des concours de catégories A et B des filières administrative, technique, culturelle, sportive et police municipale, mais aussi des concours de la filière animation dont les agents sont, pour la grande majorité, de catégorie B.
Plusieurs amendements ont été adoptés relatifs notamment à :
-la création d'un fonds spécifique de développement des centres de gestion, dont l’objet est de pourvoir au financement de la mise en compatibilité des systèmes informatiques des centres de gestion et des régimes signataires nécessaires aux traitements des données et aux échanges dématérialisés;
-la possibilité pour les centres de gestion d'intervenir sur demande des collectivités au titre de l'aide administrative pour la gestion du CET(compte épargne temps).

L’article 21 précise qu'une collectivité affiliée volontairement à un centre de gestion et qui a en charge le fonctionnement de sa CAP, est compétente pour établir les listes d'aptitude à la promotion interne.
À l'article 16, qui donne la possibilité à un centre de gestion de mettre à disposition des collectivités territoriales le souhaitant son service de médecine préventive, un amendement prévoit la possibilité de créer un service de prévention des risques professionnels.

La Conférence régionale pour l'emploi public territorial se réunira une fois par an au moins, à l'initiative du centre de gestion coordonnateur, des centres de gestion et de l'ensemble des collectivités. Les délégations régionales ou interdépartementales du CNFPT, ainsi que les organisations syndicales représentatives au niveau national et siégeant au CSFPT, participeront à cette conférence pour toute question relative à la formation des agents territoriaux. Le Sénat a aussi instauré une Conférence nationale qui réunira, au moins une fois par an, l'ensemble des centres de gestion coordonnateurs.

Par délibérations concordantes des organes délibérants d'une collectivité membre et de l'EPCI, lorsque ce dernier n’est pas affilié à un centre de gestion, il pourra être décidé de créer auprès de l’EPCI, pour chaque catégorie de fonctionnaires, une commission administrative paritaire compétente à l'égard des fonctionnaires de la collectivité et de l'établissement. Lorsque ni l’un ni l’autre ne sont affiliés à un centre de gestion, les listes d'aptitude prévues parla loi sont communes à la collectivité et à l’EPCI dont elle membre.

Un article additionnel crée un comité technique paritaire commun compétent à l'égard des agents de la collectivité territoriale et de l'EPCI. Cette possibilité est étendue aux agents d'une CC,d’une CA ou d’une CU et de leurs communes membres, à condition que l'effectif global concerné soit au moins égal à 50 agents.

L'application de l'article 64 de la loi du12 Juillet 1999 a été étendue aux personnels des syndicats mixtes, ainsi qu'à tous ceux dont les structures fusionnent.

Cet article permet à un EPCI de maintenir, à titre individuel, les avantages collectivement acquis, au profit des agents qui y sont affectés et qui bénéficiaient desdits avantages au titre de l'emploi qu’ils occupaient antérieurement dans leur commune d'origine. Plusieurs aménagements ont été introduits afin notamment de faciliter la mise en œuvre de dispositions relatives à la mutualisation des moyens en service et des ressources humaines des communes et des EPCI; et de permettre aux agents transférés dans le cadre de la décentralisation de conserver à titre personnel le régime indemnitaire dont ils bénéficiaient quand ils étaient agents de l'État.
Enfin, un article additionnel interdit aux agents d'un EPCI d'être éligibles au conseil municipal d'une commune membre de l'EPCI qui les emploie.

Sous certaines conditions, les agents de catégorie A relevant de la filière administrative seront nommés et classés dans leurs cadres d'emplois, en prenant en compte les années de services effectuées en tant qu'agents non titulaires. Les acquis de l'expérience professionnelle seront pris en compte pour l'avancement de grade des agents. Plusieurs amendements ont été adoptés concernant les emplois fonctionnels de directeur général et directeur général adjoint des services dans les mairies d'arrondissement de Paris, Lyon et Marseille ainsi que dans les communes de plus de 2000 habitants. La disposition créant l'emploi fonctionnel de directeur général des services techniques, dans les départements et les régions, a été supprimée.
Concernant le nouveau dispositif de financement des organisations syndicales, un amendement prévoit que seules les dépenses de fonctionnement courant, hors charges de personnel, pourront être financées par les fonds prélevés sur la DGF.
L'article 33 a été modifié afin de permettre notamment le maintien en activité des responsables administratifs jusqu’au renouvellement des assemblées délibérantes des collectivités dont ils relèvent, lorsque ces fonctionnaires atteignent la limite d'âge dans l'année qui précède le renouvellement général ou partiel de la collectivité concernée. Une disposition a été adoptée en vue de permettre à l’exécutif local de recruter davantage de collaborateurs que le nombre actuellement fixé par le décret du 16/12/87 relatif aux collaborateurs de cabinet des autorités territoriales.

Enfin, peuvent participer à la commission chargée de l'octroi d'une délégation de service public, avec voix consultative, un ou plusieurs agents de la collectivité territoriale ou de l'établissement public désignés par le président de la commission en raison de leur compétence dans la matière qui fait l'objet de la délégation de service public.