Les moyens des laboratoires publics de recherche ont connu une forte augmentation depuis 2005 dans leurs trois composantes que sont les dépenses de personnel (avec notamment la création de 6 000 postes dans les organismes de recherche et les établissements d'enseignement supérieur), le financement des très grandes infrastructures et le fonctionnement des laboratoires.

Les moyens de fonctionnement des laboratoires ont progressé de 25 % en moyenne, grâce à la montée en puissance de l'Agence nationale de la recherche, des financements liés aux pôles de compétitivité et des contrats européens. Cette progression s'accompagne d'une évolution de la structure de financement des laboratoires publics de recherche, qui permet d'accroître leurs moyens en fonction de leur excellence scientifique et des grandes orientations stratégiques de l'État.

A ce titre, l'évaluation doit jouer un rôle prépondérant : le travail de l'Agence d'évaluation de la recherche et de l'enseignement supérieur, qui va permettre de disposer d'une évaluation indépendante des laboratoires, à la fois transparente et internationale, est essentiel. Il permettra de s'assurer que les crédits octroyés aux laboratoires, au titre du soutien de base, par les organismes de recherche et les établissements d'enseignement supérieur, bénéficient en premier lieu aux meilleurs laboratoires, et que les recherches atypiques, à haut risque ou de long terme de ces derniers, sont effectivement financées.

La question de l'articulation entre l'évaluation et la décision d'allocation des moyens occupera une place majeure dans les contrats d'objectifs des organismes de recherche et les contrats quadriennaux des établissements d'enseignement supérieur, à commencer par ceux qui seront signés avec le CNRS et l'INSERM avant la fin de l'année.