Or elles sont gérées par la SNCF à un niveau de service insatisfaisant. Par ailleurs leur maintien, et a fortiori leur développement, sont menacés car elles sont déficitaires ou insuffisamment rentables pour l’exploitant : celui-ci les finance en prélevant sur les recettes du TGV, qui sont amenées à diminuer avec la nécessité d’un renouvellement progressif des rames et l’augmentation des péages prélevés par RFF.
A l’occasion des discussions en cours entre l’Etat et la SNCF, la FNAUT et FNE demandent que la gestion des « relations Intercités », qui contribuent de manière cruciale à un aménagement équilibré et durable du territoire, soit entièrement revue sur le modèle de la gestion des TER : clarification des responsabilités et augmentation du niveau de service.

- L’Etat doit assumer son rôle d’autorité organisatrice de transports. Il est de sa responsabilité de définir l’offre ferroviaire Intercités et d’en contrôler l’exécution et la qualité, en partenariat avec les représentants des voyageurs et des régions. Sa politique doit être basée sur une dynamique de l’offre qui conduit à une hausse des recettes supérieure à celle des charges, comme c’est le cas aujourd’hui pour les TER.
- La SNCF doit assurer l’exécution des services et, pour mettre en œuvre la politique de l’Etat, prendre des initiatives commerciales pour élargir la clientèle (correspondances bien gérées, offre de trains de cabotage sans ruptures de charge, restauration à bord des trains, transport des vélos, offres tarifaires adaptées, information) et limiter le déficit d’exploitation.
- Le financement du déficit d’exploitation des services Corail et Auto/train et du renouvellement du matériel roulant doit être assuré, pour l’essentiel, par des écotaxes sur le trafic aérien intérieur et les trafics autoroutiers. Afin de permettre un niveau optimal des dessertes, un complément de financement pourrait être apporté par un fonds de péréquation alimenté par les exploitants de trains à grande vitesse, SNCF et nouveaux opérateurs, selon les principes mis en oeuvre dans le transport aérien.
En 2005, le ministre des Transports, Dominique Perben, avait demandé à la SNCF de ne plus supprimer de services Intercités. De même, aujourd’hui, aucune suppression de services Corail et Auto/train ne doit intervenir avant la mise en œuvre de la réforme proposée.
La FNAUT rappelle par ailleurs que le maillage et les performances du réseau ferré se sont souvent dégradés, en particulier sur les itinéraires transversaux. Une modernisation profonde du réseau classique est donc nécessaire : la FNAUT a proposé qu’elle soit financée dans le cadre de l’emprunt national.